Single-Nucleotide-Polymorphism-(SNP)-Analyse im Kerngenom der HUSEC-Kollektion : ein phylogenetisches Porträt
Es wurde die phylogenetische Entwicklung und genetische Struktur der 42 Stämme umfassenden HUSEC-Kollektion anhand von 90 Zielgenen aus dem Kerngenom von EHEC O157:H7/H- untersucht. Hierbei wurden Abschnitte mit einer Länge von 492-618 bp untersucht. Nur 70 konnten in allen Stämmen nachgewiesen wer...
Weiterer Titel: | Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-Analyse im Kerngenom der HUSEC-Kollektion |
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Verfasser: | |
Weitere Beteiligte: | |
FB/Einrichtung: | FB 05: Medizinische Fakultät |
Dokumenttypen: | Dissertation/Habilitation |
Medientypen: | Text |
Publikation in MIAMI: | 10.01.2014 |
Datum der letzten Änderung: | 27.07.2015 |
Angaben zur Ausgabe: | [Electronic ed.] |
Schlagwörter: | SNP; HEC; Phylogenie; Husec-Kollektion; Kerngenom |
Fachgebiet (DDC): | 610: Medizin und Gesundheit |
Lizenz: | InC 1.0 |
Sprache: | Deutsch |
Format: | PDF-Dokument |
URN: | urn:nbn:de:hbz:6-44359461343 |
Permalink: | https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-44359461343 |
Onlinezugriff: | diss_meyer_jodokus.pdf |
Es wurde die phylogenetische Entwicklung und genetische Struktur der 42 Stämme umfassenden HUSEC-Kollektion anhand von 90 Zielgenen aus dem Kerngenom von EHEC O157:H7/H- untersucht. Hierbei wurden Abschnitte mit einer Länge von 492-618 bp untersucht. Nur 70 konnten in allen Stämmen nachgewiesen werden. In diesen konnten an 3034 Positionen SNPs detektiert werden. Es wurden in allen Zielgenen Varianten detektiert, jedoch nirgends eine signifikant erhöhte Mutationsrate. Für die wichtigsten Serogruppen konnten spezifische Varianten nachgewiesen werden. Auf Basis der SNPs wurden Phylogramme erstellt und mit MLST und Serotypisierung verglichen. Mittels MLST können 30 unterschiedliche Sequenztypen bestimmt werden, der SNP-basierte Ansatz differenziert 5 weitere Stämme. So können phylogenetische Bäume mit höheren „bootstrap-consensus“-Werten korrigiert werden. Auch mit dem kleineren Ansatz der MLST wurde eine gute Abbildung der Verwandtschaftsverhältnisse erreicht.