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Phylogenetischer Vergleich von chromosomal- und plasmid-kodierten Genabschnitten in enterohämorrhagischen Escherichia coli

In einem repräsentativen Kollektiv HUS-assoziierter EHEC wurde untersucht, in welchem Verhältnis sich das Plasmid und das Chromosom zueinander entwickelt haben. Dazu wurden 41 Stämme hinsichtlich der plasmid-kodierten Gene EHEC-hlyA und espP untersucht und sequenziert. Diese plasmidalen Sequenzen sowie die konkatenierten Sequenzen der sieben chromosomalen Haushaltsgene aus dem E. coli-MLST-Schema wurden auf ihre Phylogenie untersucht um einen Vergleich der Entwicklung durchzuführen. Von den 42 untersuchten HUSEC-Stämmen waren 23 EHEC-hlyA-positiv und 14 espP-positiv, darunter 12 sowohl EHEC-hlyA als auch espP-positiv. Der Vergleich der phylogenetischen Bäume ergab, dass die Struktur der plasmidalen Sequenzen gegenüber den chromosomalen Sequenzen keine signifikanten Übereinstimmungen aufweisen. Zusammenfassend haben sich somit die chromosomalen Gene unabhängig von den plasmidalen Genen entwickelt.

Titel: Phylogenetischer Vergleich von chromosomal- und plasmid-kodierten Genabschnitten in enterohämorrhagischen Escherichia coli
Verfasser: Waldmann, Karsten GND
Gutachter: Mellmann, Alexander GND
Organisation: FB 05: Medizinische Fakultät
Dokumenttyp: Dissertation/Habilitation
Medientyp: Text
Erscheinungsdatum: 17.04.2014
Publikation in MIAMI: 17.04.2014
Datum der letzten Änderung: 27.07.2015
Schlagwörter: Escherichia coli; EHEC-hlyA; espP; Chromosom; Plasmid; Phylogenie
Fachgebiete: Medizin und Gesundheit
Sprache: Deutsch
Format: PDF-Dokument
URN: urn:nbn:de:hbz:6-73359418156
Permalink: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:6-73359418156
Onlinezugriff:
Inhalt:
1. Einleitung ........................................................................ 1
2. Material und Methoden ................................................... 6
2.1. Materialien............................................................................6
2.1.1. Standardgeräte, -chemikalien und -materialien............................. 6
2.1.2. PCR-Reagenzien.......................................................................... 6
2.1.3. Stammsammlung und Referenzstämme ....................................... 7
2.2. Methoden .............................................................................9
2.2.1. Polymerase Kettenreaktion (PCR) ................................................ 9
2.2.2. Sequenzierung der PCR-Produkte.............................................. 10
2.2.3. Phylogenetische Analysen .......................................................... 11
2.2.4. Vergleich der phylogenetischen Bäume...................................... 11
3. Ergebnisse.................................................................... 13
3.1. Nachweis von espP und EHEC-hlyA in den
HUSEC-Stämmen .............................................................. 13
3.2. Phylogenie der einzelnen Gene.......................................... 15
3.3. Vergleich der phylogenetischen Bäume.............................. 19
4. Diskussion..................................................................... 22
5. Literaturverzeichnis....................................................... 28