Die Lebenserwartung von Cystische Fibrose (CF)-Patienten wird maßgeblich durch pulmonale Komplikationen bei Staphylococcus aureus-Infektionen bestimmt. In dieser Studie wurde die Diversität und Mikroevolution von S. aureus während der Langzeitbesiedlung eines CF-Patienten untersucht. Dazu wurden 40 zufällig aus einer Sputumprobe ausgewählte Isolate mittels Next-Generation-Sequencing, bioinformatischen und phylogenetischen Methoden analysiert. Alle 40 Isolate wiesen denselben nach spa- und MLST-Typ definierten Klon auf. Neben Isolaten mit nur wenigen Mutationen zeigten andere Gruppierungen größere Variabilität. Insgesamt haben evolutive Vorgänge die Dominanz eines Klons und eine intraklonale Konkurrenzsituation befördert. Das Fortbestehen von Isolaten, mit wenigen Genomalterationen, spricht für ein hohes Adaptationspotential einer Teilpopulation. Daneben scheint aber eine kontinuierliche Diversifizierung auf intraklonaler Ebene einen Spielraum für weitere Anpassungsvorgänge darzustellen.