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|a Entwicklung und Evaluierung der „Multilocus Variable Number Tandem Repeat Sequenztypisierung (MLVST)“ zur Typisierung von Enterococcus faecium
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|a [Electronic ed.]
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|b Universitäts- und Landesbibliothek Münster
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|a Inhaltsverzeichnis ............................................................................................................. 7 -- 1. Einleitung ..................................................................................................................... 9 -- 1.1 Typisierungsmethoden für Vancomycin-resistente Enterokokken......................... 9 -- 1.2 Variable Number Tandem Repeats (VNTR) und Multilocus VNTR Analyse -- (MLVA)............................................................................................................ 11 -- 1.3 Multilocus-VNTR-Sequenztypisierung (MLVST)............................................... 11 -- 1.4 Zielsetzung ........................................................................................................... 13 -- 2. Material und Methoden .............................................................................................. 14 -- 2.1 Material ................................................................................................................. 14 -- 2.1.1 Herkunft der verwendeten Vancomycin-resistenten E. faecium-Stämme ......... 14 -- 2.1.2 Geräte und Verbrauchsmaterialien .................................................................... 15 -- 2.1.3 Chemikalien ....................................................................................................... 16 -- 2.1.4 Puffer und Lösungen in Eigenherstellung ......................................................... 17 -- 2.1.5 Synthetische Oligonukleotide ............................................................................ 18 -- 2.1.6 Software ............................................................................................................. 18 -- 2.2 Methoden .............................................................................................................. 19 -- 2.2.1 Bakterienanzucht ............................................................................................... 19 -- 2.2.2 DNA-Extraktion mittels InstaGene™ Matrix ................................................... 19 -- 2.2.3 Polymerase-Kettenreaktion ............................................................................... 19 -- 2.2.4 Multiplex-PCR .................................................................................................. 20 -- 2.2.5 Gelelektrophorese .............................................................................................. 20 -- 2.2.6 Produktaufreinigung mit EXOSAP ................................................................... 21 -- 2.2.7 Sequenzierung ................................................................................................... 21 -- 2.2.8 Rep-PCR ............................................................................................................ 22 -- 2.2.9 Datenanalyse ...................................................................................................... 22 -- 3. Ergebnisse ................................................................................................................... 25 -- 3.1 Typisierbarkeit der verwendeten VREF-Isolate mittels MLVST und rep-PCR... 25 -- 3.2 Vergleich von MLVST und rep-PCR ................................................................... 26 -- 3.3 Korrelation zwischen STMLVST, FP und Resistenztyp .......................................... 29 -- 3.4 Korrelation zwischen STMLVST, FP und Herkunftsstation .................................... 29 -- 3.5 Etablierung einer Multiplex-PCR ......................................................................... 30 -- 4. Diskussion .................................................................................................................. 35 -- 4.1 Diskriminationspotential von MLVST und rep-PCR ........................................... 35 -- 4.2 Konkordanz von MLVST zu rep-PCR und anderen Typisierungsverfahren ....... 36 -- 4.3 Typisierbarkeit und Reproduzierbarkeit mittels MLVST und rep-PCR im -- Vergleich zu anderen Typisierungsverfahren ................................................... 39 -- 4.4 Korrelation zwischen MLVST-Profil und Resistenztyp ...................................... 41 -- 4.5 Etablierung einer Multiplex-PCR ......................................................................... 41 -- 4.6 Vorteile und Nachteile der MLVST ..................................................................... 42 -- 4.7 Limitationen der Studie ........................................................................................ 43 -- 4.8 Ausblick: Next Generation Sequencing (NGS) .................................................... 44 -- 5. Zusammenfassung ...................................................................................................... 44 -- 6. Literaturverzeichnis .................................................................................................... 46 -- 7. Abkürzungen .............................................................................................................. 51 -- 8. Abbildungs- und Tabellenverzeichnis ........................................................................ 52 -- 8.1 Abbildungen ......................................................................................................... 52 -- 8.2 Tabellen ................................................................................................................ 52 -- 9. Danksagungen ............................................................................................................ 53 -- 10. Lebenslauf ................................................................................................................ 54.
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Hier wurde die Multilocus Variable Number Tandem Repeat Sequenztypisierung (MLVST), bei der Sequenzdaten eines "Variable Number Tandem Repeat“ mit Sequenzdaten der Haushaltsgene <i>atpA</i> und<i> ddl</i> verknüpft werden, anhand von 38 klinischen VRE-Isolaten evaluiert. Weiterhin konnte die MLVST mittels Multiplex-PCR vereinfacht werden. Der Vergleich von MLVST mit der Typisierungsmethode DiversiLab® zeigte, dass das Diskriminationspotential von MLVST sowie die Konkordanz zu DiversiLab® nicht ausreichen, um MLVST als Typisierungsverfahren in möglichen Ausbruchsszenarien zu etablieren.</span></p> <!--[if gte mso 9]><xml> <w:WordDocument> <w:View>Normal</w:View> <w:Zoom>0</w:Zoom> <w:TrackMoves/> <w:TrackFormatting/> <w:HyphenationZone>21</w:HyphenationZone> <w:PunctuationKerning/> <w:ValidateAgainstSchemas/> <w:SaveIfXMLInvalid>false</w:SaveIfXMLInvalid> <w:IgnoreMixedContent>false</w:IgnoreMixedContent> <w:AlwaysShowPlaceholderText>false</w:AlwaysShowPlaceholderText> <w:DoNotPromoteQF/> <w:LidThemeOther>DE</w:LidThemeOther> <w:LidThemeAsian>X-NONE</w:LidThemeAsian> <w:LidThemeComplexScript>X-NONE</w:LidThemeComplexScript> <w:Compatibility> <w:BreakWrappedTables/> <w:SnapToGridInCell/> <w:WrapTextWithPunct/> <w:UseAsianBreakRules/> <w:DontGrowAutofit/> <w:SplitPgBreakAndParaMark/> <w:EnableOpenTypeKerning/> 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