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Es existieren vielfältige
Typisierungsmethoden für Vancomycin-resistente Enterokokken (VRE), die der
Infektionsüberwachung dienen. Die Pulsfeld-Gelelektrophorese hat sich aufgrund
des hohen Diskriminationspotentials durchgesetzt, jedoch ist diese Methode von
hohem Aufwand geprägt. Die Multilocus-Sequenztypisierung zeichnet sich durch
exzellente Datenaustauschbarkeit aus, jedoch fehlt es ihr an
Diskriminationsvermögen. Hier wurde die Multilocus Variable
Number Tandem Repeat Sequenztypisierung (MLVST), bei der Sequenzdaten eines
"Variable Number Tandem Repeat“ mit Sequenzdaten der Haushaltsgene atpA
und ddl verknüpft werden, anhand von 38 klinischen VRE-Isolaten
evaluiert. Weiterhin konnte die MLVST mittels Multiplex-PCR vereinfacht werden.
Der Vergleich von MLVST mit der Typisierungsmethode DiversiLab® zeigte, dass
das Diskriminationspotential von MLVST sowie die Konkordanz zu DiversiLab®
nicht ausreichen, um MLVST als Typisierungsverfahren in möglichen
Ausbruchsszenarien zu etablieren.
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| Titel: |
Entwicklung und Evaluierung der „Multilocus Variable Number Tandem Repeat Sequenztypisierung (MLVST)“ zur Typisierung von Enterococcus faecium |
| Verfasser: |
Constien, Christine
GND
|
| Gutachter: |
Mellmann, Alexander
GND
|
| Organisation: |
FB 05: Medizinische Fakultät
|
| Dokumenttyp: |
Dissertation/Habilitation
|
| Medientyp: |
Text
|
| Erscheinungsdatum: |
2017 |
| Publikation in MIAMI: |
19.09.2017 |
| Datum der letzten Änderung: |
19.09.2017 |
| Schlagwörter: |
VRE; E. faecium; Typisierung; Ausbruchsklärung; Multiplex-PCR; VNTR |
| Fachgebiete: |
Medizin und Gesundheit
|
| Sprache: |
Deutsch |
| Format: |
PDF-Dokument |
| URN: |
urn:nbn:de:hbz:6-41209643220 |
| Permalink: |
https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:6-41209643220 |
| Onlinezugriff: |
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| Inhalt: |
Inhaltsverzeichnis ............................................................................................................. 7
1. Einleitung ..................................................................................................................... 9
1.1 Typisierungsmethoden für Vancomycin-resistente Enterokokken......................... 9
1.2 Variable Number Tandem Repeats (VNTR) und Multilocus VNTR Analyse
(MLVA)............................................................................................................ 11
1.3 Multilocus-VNTR-Sequenztypisierung (MLVST)............................................... 11
1.4 Zielsetzung ........................................................................................................... 13
2. Material und Methoden .............................................................................................. 14
2.1 Material ................................................................................................................. 14
2.1.1 Herkunft der verwendeten Vancomycin-resistenten E. faecium-Stämme ......... 14
2.1.2 Geräte und Verbrauchsmaterialien .................................................................... 15
2.1.3 Chemikalien ....................................................................................................... 16
2.1.4 Puffer und Lösungen in Eigenherstellung ......................................................... 17
2.1.5 Synthetische Oligonukleotide ............................................................................ 18
2.1.6 Software ............................................................................................................. 18
2.2 Methoden .............................................................................................................. 19
2.2.1 Bakterienanzucht ............................................................................................... 19
2.2.2 DNA-Extraktion mittels InstaGene™ Matrix ................................................... 19
2.2.3 Polymerase-Kettenreaktion ............................................................................... 19
2.2.4 Multiplex-PCR .................................................................................................. 20
2.2.5 Gelelektrophorese .............................................................................................. 20
2.2.6 Produktaufreinigung mit EXOSAP ................................................................... 21
2.2.7 Sequenzierung ................................................................................................... 21
2.2.8 Rep-PCR ............................................................................................................ 22
2.2.9 Datenanalyse ...................................................................................................... 22
3. Ergebnisse ................................................................................................................... 25
3.1 Typisierbarkeit der verwendeten VREF-Isolate mittels MLVST und rep-PCR... 25
3.2 Vergleich von MLVST und rep-PCR ................................................................... 26
3.3 Korrelation zwischen STMLVST, FP und Resistenztyp .......................................... 29
3.4 Korrelation zwischen STMLVST, FP und Herkunftsstation .................................... 29
3.5 Etablierung einer Multiplex-PCR ......................................................................... 30
4. Diskussion .................................................................................................................. 35
4.1 Diskriminationspotential von MLVST und rep-PCR ........................................... 35
4.2 Konkordanz von MLVST zu rep-PCR und anderen Typisierungsverfahren ....... 36
4.3 Typisierbarkeit und Reproduzierbarkeit mittels MLVST und rep-PCR im
Vergleich zu anderen Typisierungsverfahren ................................................... 39
4.4 Korrelation zwischen MLVST-Profil und Resistenztyp ...................................... 41
4.5 Etablierung einer Multiplex-PCR ......................................................................... 41
4.6 Vorteile und Nachteile der MLVST ..................................................................... 42
4.7 Limitationen der Studie ........................................................................................ 43
4.8 Ausblick: Next Generation Sequencing (NGS) .................................................... 44
5. Zusammenfassung ...................................................................................................... 44
6. Literaturverzeichnis .................................................................................................... 46
7. Abkürzungen .............................................................................................................. 51
8. Abbildungs- und Tabellenverzeichnis ........................................................................ 52
8.1 Abbildungen ......................................................................................................... 52
8.2 Tabellen ................................................................................................................ 52
9. Danksagungen ............................................................................................................ 53
10. Lebenslauf ................................................................................................................ 54 |
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