Analysis of CoFGE experiments with Delta2D

Comparative fluorescence gel electrophoresis (CoFGE) was developed to improve coordinate assignment in singular experiments. The method uses an internal reference to both correct for gel-to-gel variation and allow semi-quantitation of gel spots in two-dimensional gel electrophoretic experiments (2D-...

Authors: Nippes, Alina
Ackermann, Doreen
König, Simone
Division/Institute:FB 05: Medizinische Fakultät
Document types:Article
Media types:Text
Publication date:2018
Date of publication on miami:28.09.2018
Modification date:28.09.2018
Source:Mercator Journal of Biomolecular Analysis, 2 (2018) 1, S. 1-45
Edition statement:[Electronic ed.]
Subjects:2D-PAGE; gel electrophoresis; standardisation; proteins; fluorescent dyes 2D-PAGE; Gelelektrophorese; Standardisierung; Proteine; Fluoreszenzfarbstoffe
DDC Subject:572: Biochemie
License:CC BY-SA 3.0 DE
Language:English
Format:PDF document
URN:urn:nbn:de:hbz:6-97129496060
Permalink:http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-97129496060
Digital documents:mercator-journal_2018_2_1.pdf

Comparative fluorescence gel electrophoresis (CoFGE) was developed to improve coordinate assignment in singular experiments. The method uses an internal reference to both correct for gel-to-gel variation and allow semi-quantitation of gel spots in two-dimensional gel electrophoretic experiments (2D-PAGE). Commercial products have become available which enable users to easily perform these powerful experiments. Software capable of warping gel images is required for data analysis. A manual is provided for the use of Delta2D (DECODON) for this purpose.

Die vergleichende Fluoreszenz-Gelelektrophorese (CoFGE) wurde entwickelt, um die Koordinatenzuordnung von Proteinspots in Einzelexperimenten zu verbessern. Die Methode korrigiert die Gel-zu-Gel-Variation mittels eines internen Standards, der gleichzeitig halb-quantitative Konzentrationsaussagen in zweidimensionalen gelelektrophoretischen Trennungen (2D-PAGE) erlaubt. Die Methode wurde inzwischen kommerzialisiert. Für die Datenanalyse ist Software nötig, die Gelverzerrungen ausgleichen kann. Hier wird eine Anleitung für die Anwendung von Delta2D (DECODON) für diesen Zweck bereitgestellt.