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Analysis of CoFGE experiments with Delta2D

Comparative fluorescence gel electrophoresis (CoFGE) was developed to improve coordinate assignment in singular experiments. The method uses an internal reference to both correct for gel-to-gel variation and allow semi-quantitation of gel spots in two-dimensional gel electrophoretic experiments (2D-PAGE). Commercial products have become available which enable users to easily perform these powerful experiments. Software capable of warping gel images is required for data analysis. A manual is provided for the use of Delta2D (DECODON) for this purpose.

Die vergleichende Fluoreszenz-Gelelektrophorese (CoFGE) wurde entwickelt, um die Koordinatenzuordnung von Proteinspots in Einzelexperimenten zu verbessern. Die Methode korrigiert die Gel-zu-Gel-Variation mittels eines internen Standards, der gleichzeitig halb-quantitative Konzentrationsaussagen in zweidimensionalen gelelektrophoretischen Trennungen (2D-PAGE) erlaubt. Die Methode wurde inzwischen kommerzialisiert. Für die Datenanalyse ist Software nötig, die Gelverzerrungen ausgleichen kann. Hier wird eine Anleitung für die Anwendung von Delta2D (DECODON) für diesen Zweck bereitgestellt.

Titel: Analysis of CoFGE experiments with Delta2D
Verfasser: Nippes, Alina
Ackermann, Doreen GND
König, Simone
Organisation: FB 05: Medizinische Fakultät
Dokumenttyp: Artikel
Medientyp: Text
Erscheinungsdatum: Oktober 2018
Publikation in MIAMI: 28.09.2018
Datum der letzten Änderung: 28.09.2018
Zeitschrift/Periodikum: Mercator Journal of Biomolecular Analysis / 2 (2018) 1, S. 1 - 45
Schlagwörter: 2D-PAGE; gel electrophoresis; standardisation; proteins; fluorescent dyes
2D-PAGE; Gelelektrophorese; Standardisierung; Proteine; Fluoreszenzfarbstoffe
Fachgebiete: Biochemie
Lizenz: CC BY-SA 3.0 DE
Sprache: Englisch
Format: PDF-Dokument
URN: urn:nbn:de:hbz:6-97129496060
Permalink: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:6-97129496060
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