Evaluation des BURP-Algorithmus für die phylogenetische Analyse von Staphylococcus aureus

Es wurde bereits vermutet, dass die spa Typisierung von Staphylococcus aureus evolutionsbiologisch auch ältere Prozesse darstellen kann. Das sog. „slipped-strand mispairing“ in genetischen Repeatregionen wird formal durch das sog. EDSI-Modell beschrieben. Der Algorithmus BURP gruppiert S. aureus Iso...

Author: Berssenbrügge, Christoph
Further contributors: Harmsen, Dag (Thesis advisor)
Division/Institute:FB 05: Medizinische Fakultät
Document types:Doctoral thesis
Media types:Text
Publication date:2008
Date of publication on miami:27.02.2008
Modification date:21.03.2023
Edition statement:[Electronic ed.]
Subjects:Staphylococcus aureus; Typisierung; Gruppierung; klonale Verwandtschaft; spa; BURP; eBURST
DDC Subject:610: Medizin und Gesundheit
License:InC 1.0
Language:German
Format:PDF document
URN:urn:nbn:de:hbz:6-16509591512
Permalink:https://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-16509591512
Digital documents:diss_berssenbruegge.pdf

Es wurde bereits vermutet, dass die spa Typisierung von Staphylococcus aureus evolutionsbiologisch auch ältere Prozesse darstellen kann. Das sog. „slipped-strand mispairing“ in genetischen Repeatregionen wird formal durch das sog. EDSI-Modell beschrieben. Der Algorithmus BURP gruppiert S. aureus Isolate nach den spa Repeatprofilen. In der vorliegenden Arbeit wurden für die Evaluation des Algorithmus für die phylogenetische Analyse verschiedene Datensätze untersucht. Außerdem wurden 447 Isolate mittels MLST typisiert. Im Ergebnis war die BURP-Gruppierung abhängig von den gewählten BURP-Parametern. Es ließ sich eine Konkordanz von mindestens 87% zu Referenzverfahren erzielen. Somit ermöglicht BURP auf der Basis eines einzelnen Genlocus automatische Gruppierungen von S. aureus, die mit denjenigen etablierter Gruppierungsmethoden weitgehend korrelieren. Diese Arbeit stellt auch die Grundlage für weitere phylogenetische Studien.