ReSeqLIMS: Laborinformations- und Managementsystem für die Hochdurchsatz-Resequenzierung

Die molekulare Typisierung von Mikroorganismen ist zur Erkennung von Infektionsausbrüchen und langfristiger evolutionärer Trends von immenser Bedeutung. Neben laborseitigen Anforderungen für die Hochdurchsatz-Resequenzierung stehen leistungsfähige Laborinformations- und Managementsysteme (LIMS) im F...

Author: Schmitz-Hübsch, David Johannes
Further contributors: Harmsen, Dag (Thesis advisor)
Division/Institute:FB 05: Medizinische Fakultät
Document types:Doctoral thesis
Media types:Text
Publication date:2012
Date of publication on miami:11.07.2012
Modification date:07.06.2016
Edition statement:[Electronic ed.]
Subjects:LIMS; Resequenzierung; JavaServerFaces; MLST; Epidemiologie; Webanwendung; Drei-Schichten-Architektur
DDC Subject:610: Medizin und Gesundheit
License:InC 1.0
Language:German
Format:PDF document
URN:urn:nbn:de:hbz:6-20409565080
Permalink:http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-20409565080
Digital documents:diss_schmitz-huebsch.pdf

Die molekulare Typisierung von Mikroorganismen ist zur Erkennung von Infektionsausbrüchen und langfristiger evolutionärer Trends von immenser Bedeutung. Neben laborseitigen Anforderungen für die Hochdurchsatz-Resequenzierung stehen leistungsfähige Laborinformations- und Managementsysteme (LIMS) im Fokus. Die Webanwendung ReSeqLIMS wurde in einer Drei-Schichten-Architektur implementiert. Die Präsentationsschicht wurde mit Hilfe von JavaServerFaces (JSF), die Logikschicht mittels Java programmiert. Hibernate als Middleware garantiert Datenbankunabhängigkeit. Die Funktionalität kann in Module differenziert werden. Das Kundenmodul umfasst u.a. das Anwender- und Rechnungsmanagement. Die Integration der Arbeitsschritte in einen qualitätsüberwachten Workflow erfolgt im Labormodul. Gerätespezifische Parameter werden im Gerätemodul verwaltet. Das ReSeqLIMS ermöglicht die Steuerung des Datenflusses während der Laborprozesse und stellt die Resequenzierungsdaten für Downstream-Analysen bereit.