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Etablierung und Evaluierung einer 16S rDNA-Sequenzdatenbank zur Identifizierung von Nonfermenter-Bakterien

Der schnellen und präzisen Erregeridentifizierung von Nonfermenter (NF)-Bakterien, die vor allem als opportunistische Krankheitserreger bei immungeschwächten Patienten auftreten, kommt im klinischen Alltag eine zunehmend wichtigere Rolle zu. Da die herkömmlichen phänotypischen Identifizierungsmethoden in vielen Fällen ungenau oder falsch sind und meist mehrere Tage bis zum Ergebnis benötigen, ist für diese Erreger der Einsatz genotypischer Methoden zur Identifizierung sinnvoll. Im Rahmen des RIDOM-Projektes wurde deshalb eine qualitätskontrollierte 16S rDNA-Sequenz-Datenbank von NF-Bakterien erstellt. Die anschließende Evaluierung mit 97 klinischen NF-Isolaten zeigte im Vergleich mit anderen Sequenzdatenbanken wie GenBank deutlich bessere Identifizierungsresultate. In einzelnen Fällen war jedoch keine eindeutige Identifizierung anhand der 16S rDNA Sequenz möglich; hier ist eine Kombination mit einem weiteren Sequenzierungstarget wie z.B. dem rpoB Gen denkbar.

Titel: Etablierung und Evaluierung einer 16S rDNA-Sequenzdatenbank zur Identifizierung von Nonfermenter-Bakterien
Verfasser: Bartling, Christian
Gutachter: Karch, Helge Normdaten
Organisation: FB 05: Medizinische Fakultät
Dokumenttyp: Dissertation/Habilitation
Medientyp: Text
Erscheinungsdatum: 2009
Publikation in MIAMI: 14.04.2009
Datum der letzten Änderung: 25.04.2016
Schlagwörter: Nonfermenter-Bakterien; 16S rDNA-Sequenzierung; RIDOM; GenBank; Referenzdatenbank
Fachgebiete: Medizin und Gesundheit
Sprache: Deutsch
Format: PDF-Dokument
URN: urn:nbn:de:hbz:6-91589400699
Permalink: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:6-91589400699
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