Dissecting the OCT4-governed enhancer landscape in mouse embryonic stem cells

Das transkriptionelle Netzwerk in murinen embryonalen Stammzellen (mESC) wird durch drei Transkriptionsfaktoren (TF) OCT4, SOX2 und NANOG organisiert. Diese TF binden die DNA an sogenannten Enhancer Elementen. Viele Studien haben gezeigt an welchen Stellen OCT4 die DNA bindet, jedoch nicht wo genau...

Author: Tolen, Erik Adriaan
Further contributors: Schöler, Hans Robert (Thesis advisor)
Division/Institute:FB 13: Biologie
Document types:Doctoral thesis
Media types:Text
Publication date:2019
Date of publication on miami:17.04.2019
Modification date:17.04.2019
Edition statement:[Electronic ed.]
Subjects:Murine embryonale Stammzellen; OCT4; SOX2; DNA Zugänglichkeit; TF Kooperativität; Transkriptionsprofile
DDC Subject:570: Biowissenschaften; Biologie
License:InC 1.0
Language:English
Format:PDF document
URN:urn:nbn:de:hbz:6-75129713304
Permalink:http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:hbz:6-75129713304
Digital documents:diss_tolen.pdf

Das transkriptionelle Netzwerk in murinen embryonalen Stammzellen (mESC) wird durch drei Transkriptionsfaktoren (TF) OCT4, SOX2 und NANOG organisiert. Diese TF binden die DNA an sogenannten Enhancer Elementen. Viele Studien haben gezeigt an welchen Stellen OCT4 die DNA bindet, jedoch nicht wo genau OCT4 eine funktionelle Rolle spielt. Wir haben in einem OCT4 loss-of-function Model drei verschiedene genomische Techniken angewandt: Transient transcriptome seq zur Dokumentation der Transkriptionsprofile der mESC, Chromatin Immunoprecipitation seq zur Untersuchung der TF-Bindung an die DNA und Assay for transposase-accessibile chromatin seq zur Klärung der DNA-Zugänglichkeit. Wir haben in dem OCT4 loss-of-function Model eine Veränderung der Transkriptionsprofile, der TF-Bindung und der DNA-Zugänglichkeit dokumentiert. Wir konnten zeigen, dass bei Verlust von OCT4 an genomischen Stellen enger OCT4-SOX2 Kooperativität auch die Bindung von SOX2 und die DNA-Zugänglichkeit sinkt.